Ogenschijnlijk hebben de zaken niets met elkaar te maken: twee skeletten, gevonden in de modder van de Hudson, een knappe jonge vrouw die spoorloos is verdwenen en tientallen zwervers die wreed zijn vermoord. Inspecteur Vincent D'Agosta start een onderzoek. Hij wordt bijgestaan door FBI-agent Pendergast én de twee briljante wetenschappers Dr. Frock en Margo Green van het Natural History Museum. Hun onderzoek voert hen naar de kilometerslange tunnels onder New York, die niet alleen het domein zijn van de verschoppelingen van de Amerikaanse maatschappij, maar ook van... ja, wat is het eigenlijk?