Edal Jones komt op haar fi etstochten een dakloze tiener tegen, die dode vogels van de stoep opraapt en vergezeld wordt door een enorme zwarte hond. Op een dag volgt Edal haar naar een ratjetoe van een huis aan de rand van Don Valley. Eigenaar Guy Howell biedt opvang voor zieke en gewonde dieren (en mensen): een halfdode havik, een weesnest wasbeertjes, een soldaat met hartfalen tijdens zijn eerste tour of duty, Stephen, het weggelopen tienermeisje en haar hond. Maar ook dierenarts Kate vindt haar weg naar Guys wereld van toegewijde dierenliefhebbers. Aarzelend en voorzichtig sluit Edal zich aan bij het groepje, al houdt ze haar werkelijke functie als ambtenaar van natuurbeheer verborgen. Ze beseft donders goed dat de geïmproviseerde opvang niet voldoet aan de honderden wettelijke bepalingen, maar het is een heilzame plek voor alle bewoners, dier en mens. De spanning loopt op als 'Coyote Cop' stelselmatig coyotes mutileert en afmaakt. Fauna gaat evenzeer over dieren als over mensen, over de krachtmeting die ontstaat waar dier en mens elkaars gebied binnendringen. De Don Valley in Toronto lijkt zelf een jungle, en zijn fauna lijkt langzaam maar zeker de stad in te nemen.