De elfjarige Lyra is opgegroeid zonder haar ware identiteit te kennen. Als haar vriend Roger verdwijnt, begint haar queeste,, die haar in aanraking brengt met uiteenlopende personages, onder wie de superieure Lord Asriel en de charmante maar sinistere Ms Couiter. Ze reist naar het hoge noorden met een groep zigeuzen, op zoek naar hun kinderen - die net als Lyra's vriend Roger zijn ontvoerd. Tegen haar wil raakt Lyra betrokken bij de verschrikkelijke experimenten die in de poolstreek worden uitgevoerd. Achtervolgd, verraden en meer dan eens aan zichzelf overgeleverd, leert ze intussen steeds beter hoe ze moet omgaan met het mysterieuze gouden instrument dat haar de waarheid zal vertellen...