Jason Bourne is terug in een race tegen de klok! Tijdens een vakantie op Bali wordt Jason Bourne opnieuw ingehaald door zijn verleden. Hij overleeft een moordaanslag en duikt zwaargewond onder. Drie maanden na de aanslag weten slechts drie mensen dat Bourne nog in leven is. Hij besluit een andere identiteit aan te nemen om op zoek te gaan naar de man die hem wilde vermoorden. Maar met zijn nieuwe identiteit slaat ook de twijfel toe: wie is hij nu eigenlijk, en wat blijft er van hem over zonder zijn Bourne-identiteit?