Clary ontdekt dat Lilith er op magische wijze voor heeft gezorgd dat Jace samenspant met de boosaardige Sebastian en dat hij nu een dienaar van het kwaad is. Jace en Sebastian zijn zodanig met elkaar verbonden dat het onmogelijk is om de een te vermoorden zonder ook de ander te doden. Clary is echter vastbesloten Jace te redden, samen met haar goede vrienden Alec, Magnus, Simon en Isabelle. Daarbij zet ze niet alleen haar leven op het spel, maar ook Jace’ ziel... Stad van Verloren Zielen is het vijfde deel van De kronieken van de onderwereld.