Het is het jaar 2509. De Aarde heeft niet alleen het contact verloren met de Ishimura and Isaac Clarke, maar nu ook met de USG O'Bannon. Dit schip is de ruimte in gestuurd bij wijze van reddingsactie, maar slechts vier man van de bemanning overleeft de zoektocht. De vraag is wat er met het schip en de bemanning is gebeurd.