'13 Flowers of Nanjing' is gesitueerd in 1937 in Nanjing in China tijdens de Sino-Japanse oorlog. Een stel dappere vluchtingen wordt opgevangen in een kerk. De groep, samengekomen door de verschrikkelijke chaos van de oorlog, riskeert hun leven voor de schoolkinderen van de kerk tijdens de gewelddadige invasie van de stad.