Lilo, Stitch en hun Ohana hebben zich weer gesetteld na hun laatste avontuur, totdat er zich een probleem voordoet. Stitch krijgt namelijk een "Glitch", hierdoor daalt zijn goedheidsniveau, dat ooit zo hoog was, aanzienlijk en nu wordt Experiment 626 weer slecht. En dit heeft meer invloed op zijn Ohana dan eerst zou lijken...