Blu, Jewel en hun drie kinderen hebben een perfect leven in de magische stad Rio de Janeiro. Wanneer Jewel besluit dat de kinderen moeten leren leven als echte vogels staat ze erop dat de familie naar het Amazonegebied gaat. Terwijl Blu zich probeert in te passen bij zijn nieuwe buren vreest hij dat hij Jewel en zijn kinderen verliest aan de wilde dieren.