Mutanten, mensen met een afwijkende genetische opmaak, die hen zeer bijzondere krachten geeft. Sommige mensen zien het als een geschenk uit de hemel, anderen als een vloek. Professor Charles Xavier en zijn team behoren tot die eerste groep en proberen op Xavier's school jonge mutanten te laten opgroeien met hun speciale krachten. Maar niet iedere mutant gebruikt zijn krachten voor goede doeleinden. Zo wil de mensenhatende Eric Lensherr, alias Magneto, zijn krachten gebruiken om de mensheid uit te roeien. Het is aan Xavier en zijn team om Magneto te stoppen.