De familie Batman is teruggekeerd naar het heden om te ontdekken dat Japan is verdwenen en dat er nu een gigantisch eiland - Hinomoto - in de lucht boven Gotham City is. Aan de top zit de Yakuza, een groep superkrachtige individuen die regeren zonder eer of menselijkheid en verdacht veel lijken op de Justice League. Nu is het aan Batman en zijn bondgenoten om Gotham te redden!