Het avontuur begint met het verschijnen van Mewto, een genetisch gemanipuleerde Pokémon, gecreëerd uit het DNA van Mew, de zeldzaamste van alle Pokémon. Mewto is vastbesloten om zijn superioriteit te bewijzen en verleidt Ash, Pikachu en de anderen in een strijd, zoals er nog nooit is geweest: Mewto tegen Mew, superkloon tegen Pokémon. Het gaat hier om de ultieme confrontatie met de toekomst van de wereld als inzet.