Cody Banks lijkt op het eerste gezicht een normale, klein beetje sullige, tiener. Maar hij is werkelijk een CIA-agent die deel uitmaakt van een speciale tak van tiener-agenten. Hij krijgt hulp van begeleider, Ronica Miles en ook beschikt Cody over de nieuwste snufjes. Zijn eerste missie is het bevriend raken met Natalie Connors, de dochter van een uitvinder die onwetend de slechterik in dit verhaal helpt.