Acht jaar nadat zijn vader bij een experiment is verdwenen, zoekt Jac hem in alle hoeken van het heelal. Op zijn reis ontmoet hij de vreemdste wezens en bezoekt hij bizarre planeten. Hij vindt zijn vader terug op de planeet Raphicca, 27,2 miljoen lichtjaren van huis. Het is een planeet vol magie waar buitenaardse wezens leven en strijden volgens een middeleeuwse riddercode. Jac realiseert zich dat zijn reddingspoging alleen zal slagen als hij zijn vaders reusachtige buitenaardse vriend helpt de troon van Raphicca terug te krijgen. Thru the Moebius Strip is een intergalactische versie van het sprookje van Jaap en de bonenstaak, gebaseerd op de waanzinnige striptekeningen van Jean 'Moebius' Giraud.